Vasep cho biết, trước đây, DN đăng ký tờ khai hải quan tại chi cục hải quan tỉnh nơi DN đặt nhà máy, sau đó làm văn bản đề nghị chi cục này chuyển đến chi cục hải quan tại cảng xuất để tiện việc kiểm tra thực tế hàng hóa hộ. Tuy nhiên, từ ngày 5/6/2018, khi Thông tư 39 có hiệu lực, các chi cục hải quan tỉnh từ chối theo quy định tại khoản 1, điều 1 Thông tư 39 sửa đổi khoản 9 điều 29 Thông tư 38 trước đó của Bộ Tài chính.

Theo Vasep, thông thường thành phẩm của các DN sản xuất đều tập kết gửi tại các kho ở TPHCM (như kho Swire, Preffered,...) và xuất khẩu tại cảng Cát Lái, cảng VICT... Thậm chí, một số trường hợp các lô hàng xuất đi các Thị trường có yêu cầu chiếu xạ (như Mỹ), DN đều cần tập kết hàng tại các kho lạnh ở Bình Dương và TPHCM do chỉ có hai tỉnh này có xưởng chiếu xạ.

Tuy nhiên, trong trường hợp lô hàng bị xếp vào luồng đỏ, sau khi tập kết hàng tại TPHCM, do không còn được phép xin làm kiểm hóa hộ, DN phải đưa hàng trở lại địa phương để làm thủ tục khai báo hải quan, sau đó lại đưa hàng về TPHCM để xuất hàng, tốn kém thêm rất nhiều thời gian và chi phí cho DN. Vì thế, theo các DN, phương án DN đăng ký mở tờ khai hải quan để kiểm hóa trực tiếp tại hải quan TPHCM là không phù hợp do tạo thêm nhiều thủ tục phát sinh…